Program Studi Manajemen Dakwah berdiri pada tahun 2001 berdasar SK No. E/215/2001 tanggal 2 Agustus 2001 merupakan bagian dari pengembangan Fakultas Dakwah dan Komunikasi UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta. Program Studi Manajemen Dakwah (MD) telah mendapat akreditasi terbaru dari dari BAN-PT dengan status Akreditasi A menurut Nomor SK: 3498/Sk/BAN-PT/Ak.Ppj/S/VIII/2023 yang berlaku sejak tanggal 13 September 2023 sampai dengan 13 September 2028. 

Program Studi Manajemen Dakwah merupakan program studi yang mempelajari kombinasi antara ilmu manajemen dan dakwah. Lulusan program studi Manajemen Dakwah (MD) juga mampu terserap di dunia kerja dengan baik. Kemampuan profil lulusan dari program studi manajemen dakwah di antaranya, Religius, Professional, dan Humanis. Religius artinya para lulusan memiliki sikap yang baik dan bisa mengimplementasikan ajaran agama dengan benar dan moderat. Profesional artinya lulusan memiliki kompetensi yang mumpuni di bidangnya seperti bidang manajemen haji dan umrah, manajemen Lembaga keuangan islam, dan manajemen sumber daya manusia. Lalu humanis, artinya lulusan prodi Manajemen Dakwah mampu bekerja secara individu maupun kelompok, mampu bersosialisasi kepada masyarakat dan juga bisa beradaptasi dengan lingkungan yang beragam.

Prodi Manajemen Dakwah memiliki tiga konsentrasi utama yaitu Manajemen Haji dan Umrah, Manajemen Sumber Daya Manusia, dan Manajemen Lembaga Keuangan Islam.